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年夏天，六年级小学生裕太（武井证 配音）独自来到位于深山的萤之丘水库。当年他曾和父亲来到这里捉独角仙，一年前父亲意外去世，曾留下无数美好回忆的水库，对他来说自然别有一番意义。在此期间，他遭遇罕见的暴雨

为追踪4名血继限界继承者的下落，小樱（中村千絵 配音）、漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、卡卡西（井上和彦 配音）和佐井奉命前往。但在岩隐和草隐交界的须弥山失去目标，鸣人和佐井也身受重伤。在此之后，自称卑留

某日，一群使用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦

幽灵军团的黄泉（中村秀利 配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具

鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）和鹿丸三人进入深山寻找走失的雪貂，在回来的路上，他们遭到全副武装的骑士团的袭击。在激烈的对抗中，鸣人和对方的白甲头目特穆金一同跌落悬崖，两人被刚巧路过的商

盲剑客座头市（胜新太郎 饰）独行天下，扶弱济贫，但他渐渐厌倦了血雨腥风的生活，决心返回故乡莲花泽隐居然而宁静的故乡已被暴徒政吾郎（米仓齐加年 饰）霸占，村民饱受欺侮，苦不堪言。政吾郎得知阿市归来，遂高

堂山和下妻两家老大剑拔弩张，蒙在鼓里的座头市（胜新太郎 饰）被堂山请去助拳，半路斩杀了前来挑衅的下妻家三武士。失去引路人的阿市独自上路，期间营救了遭武士欺侮追杀的江户鸣海屋的小姐美津（藤村志保 饰）。