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城市里连续发生着不可思议的奇怪事件，还有为解决事件聚集起来的拥有特殊力量的少女：修道院里的十四岁孤儿----叶山小十乃、身为偶像的----白藤菜月以及与前世的噩梦战斗的谜之少女----圣三咲。

这个学校到底在搞什么东东？！这个兽耳少女到底是什么鬼啊？

今年，升上高中的大八木朔（前野智昭 配音）即将回到童年时代曾经居住过的小镇完成自己的高中学业。在那里，他遇见了给自己制造过童年阴影的青梅竹马明野美星（伊藤加奈惠 配音）。在美星的强迫下，木朔加入了美星

极上学生会——也就是宫神学院高等部高等学生会的俗称，是最大权限保有最上级学生会的简称。

世间人多如天上之星，邂逅亦多如天上之星，紧接着的……是离别

仁岁千岁（岸尾大辅 配音）自幼失去了父母，在孤儿院里长大，成人后，他住进了父母留给自己的房子里。偌大的屋子内，常年只有他一个人在走动，这份孤独狠狠侵蚀着他的内心，让他常常处于孤独之中。

电影讲述了一个将月球炸掉7成、并扬言一年后将要毁灭地球的不明生物杀老师，担任全校最不被看好的班级3年E班的导师，与学生之间发生的故事。杀老师虽然是个有马赫级神速移动能力、以及奇怪触手的生物，却为学生竭

三年前的那场事故 使得凉宫遥以及鸣海孝之的人生发生了巨大的变化。